全自動軟化水設備一般采用以下幾種消毒方式：

       1、臭氧消毒：臭氧可殺滅細菌繁殖體和芽孢、真菌等，并可破壞肉毒桿菌。臭氧殺菌機制為通過氧化作用破壞微生物膜的結構而實現殺菌效果。臭氧先作用于細胞膜，使膜構成成分受損而導致新陳代謝障礙。臭氧繼續滲透穿透膜并破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。該機制為通過氧化作用破壞其核糖核酸或脫氧核糖核酸。

       2、巴氏消毒：是指將液體加熱到相應溫度并持續一段時間，以去除可能導致變質或不需要的發酵微生物的過程。有兩個主要功能：（1）用于全自動軟化水設備系統中的預處理單元的周期性消毒，RO/EDI單元的周期性消毒，以及儲存與分配管網單元的周期性消毒；（2）用于注射用水系統正常運行時的微生物控制。

       3、化學消毒：化學消毒是指用化學消毒的藥物作用于微生物和病原體，使其蛋白質變性，失去正常功能而死亡。目前全自動軟化水設備常用的有氧化消毒劑、碘類消毒劑、醛類消毒劑、雜環類氣體消毒劑、醇類消毒劑、季胺類消毒劑等。